comparer seulement les fichiers de deux repertoires

systeme:windows xp

bonjour,
mon problème est le suivant , j'ai deux énormes dossiers ,avec un tas de sous-dossiers, de 60 gigas chacun,sur deux disques durs differents .Ils sont presque identiques
Je voudrais me constituer deux nouveaux dossiers avec seulement les fichiers qui sont presents sur un des dossiers et pas sur l'autre.
Jusqu'ici, vous me repondrez que des logiciels comme winmerge , beyond  compare, syncback etc.. sont la pour comparer deux dossiers(similitudes et difference) , mais mon probleme est le suivant :
a l'interieur de mes deux repertoires, l'arborescence des sous-dossiers n'est pas la même : du coup tous ces logiciels sont completement perdus et me donnent tous des résultats erronnés ,aprés verification.Ils ne supportent pas que des sous-sous-dossiers ait été deplacés...

En fait , il me faudrait un logiciel qui puisse "ignorer" l'arborescence des dossiers ,et ne se concentrer que sur les fichiers de chacun des disques , un peu comme si j'avais extrait moi-même tous les fichiers de leur dossiers (j'ai d'ailleurs essayé de faire moi-même un copier dans une recherche ,mais avec 60 Go de fichiers , windows s'est completement grippé lol) pour ensuite les comparer directement .

Voilà, pour l'instant , je suis bloqué..si quelqu'un a une solution..

(ps: je ne veux pas "synchroniser" les deux dossiers , je le repete, mais bien faire un nouveau dossier avec les fichiers "differents)

hébé, pour un forum qui s'autoproclame "meilleur forum informatique" et qui sqatte les reponses google...